En 1989, la Municipalidad presentó la idea de trasladar el terminal al sector alto de Puerto Montt, aunque después la idea no fue priorizada, dados los estudios que reafirmaron que el sector en que funcionaba continuaba siendo un activo para Puerto Montt, más aún ante el pronunciado declive que ya experimentaba el transporte de pasajeros vía tren.
A comienzos del siglo XXI nuevamente se retomó el debate de si el terminal debía mantenerse en la costanera o trasladarse al sector alto, debido a que el actual recinto se había vuelto estrecho. Finalmente, se optó por licitar la construcción de administración de un nuevo terminal.